达索系统BIOVIA与诺贝尔化学奖

寂静回声

北京时间10月3日下午，诺贝尔基金会宣布将2018年的诺贝尔化学奖授予Frances H. Arnold教授、George P. Smith教授、以及Gregory P. Winter爵士，以表彰他们成功驾驭演化的力量，造福人类。奖项的一半授予美国科学家阿诺德(Frances H. Arnold)，表彰她实现了酶的定向演化；另一半授予给美国科学家史密斯(George P. Smith)和英国科学家温特(Gregory P. Winter)，表彰他们实现了多肽和抗体的噬菌体呈现技术。
工欲善其事，必先利其器。化学家也一样，他们在研究酶和蛋白质的时候，首先要把它们用三维的方式表达出来。
达索系统的BIOVIA就是化学家们常用的武器。BIOVIA的前身是Accelrys。

生物分析、药物发现、毒理学、疾病诊断和监测、食品安全等都极大的促进了蛋白质组及代谢组学的发展。但这也给研究者在获取和处理数据上提出了更高的要求。
Pipeline Pilot拥有众多的数据分析模拟，如蛋白质谱分析模块、序列分析模块、R统计模块。并能够自由组合成为工作流，提高研究者对蛋白质组学数据的分析、管理和共享能力。

1、蛋白质谱分析模块
Mass Specfor Proteomics模块提供了一系列对基于生物质谱的蛋白组数据处理工具，可以对来自质谱实验的数据进行读入、输出、显示、处理、分析、比较和发布。可以和Sequence Analysis和Gene Expression模块进行连用做其他实验数据的分析以及生物标记的识别和验证。
2、序列分析模块
实现对蛋白质和核酸的序列的注释和特征分析，序列搜索和比对，产生引物和扩增子，siRNA设计，发现限制性酶切位点等功能。同样，本模块可以通过Java和Perl建立新的组件来扩展系统功能，或通过与EMBOSS整合而实现功能的扩展。
3、 R统计模块
RStatistics模块能对数据进行深入细致的分析，创建内容丰富、清晰直观的分析图表，帮助您做出合理的决策。R统计模块包含的组件能够实现数据操作、聚类、学习，以及一些传统和探索性的数据分析方法，其统计引擎来自于在公共领域广泛应用的R统计学软件包。R统计学软件包中的数据统计和分析方法被无缝连接到PipelinePilot数据流程中，用户可以直接调用其组件而无需编写R脚本语言，所获得的输出结果可以直接用Pipeline Pilot工作流程中的其它组件进行分析。本模块中主要的学习方法有偏最小二乘法，神经网络和支持向量机等。R脚本语言编写的组件同样可以直接整合到Pipeline Pilot中，从而扩展R模块中的组件功能。
酶是自然界经过长期进化而产生的生物催化剂。它能在温和条件下高效专一地催化某些化学反应。正是它们的存在，确保了生物体内化学反应可以在常温，常压条件下进行。具有非常广阔的应用前景。而在近几年的国内外研究中，把分子模拟应用于酶领域成为了一个热门，研究手段也日益成熟。

应用模块：
Homology Modeling、Molecular Docking、Molecular Dynamics、QM/MM、ZDOCK/RDOCK、Protein Design